В Россию Екатерина Романовна вернулась только в 1782 году, оставив сына учиться в Эдинбургском университете. Екатерина II вновь обратила на нее внимание и через некоторое время приказала княгине стать директором Академии наук, обширное хозяйство которой было к тому времени сильно расстроено. Дашкова расплатилась с долгами, снизив цену на книги, печатаемые в Академии, и распродав большое количество изданий.